由于生态系统的对象主要是相对完整的自然生态系统，所以自然生态系统的可持续发展必然成为生态旅游可持续发展的重要内容。生态旅游系统主要有生物和非生物的环境两大部分组成。系统内的生物群落即生命系统，包括生产者、消费者、分解者；非生物环境即非生命的系统，包括：阳光、空气、水、土壤和无机物等等，他们共同构建了一个丰富多彩的相对稳定的结构系统，成为组成生态旅游的主要吸引物。良好丰富的自然生态环境是生态旅游的目的地。自然生态系统容不得任何耗竭性的消费，因此，无论是经营开发者、管理决策者，还是旅游者，对保护自然生态都有不可推卸的责任，都必须在生态旅游实践中认识自然、保护自然。这种生态环境保护对自然生态系统的正常发展、循环稳定的维护，同时也包括对人类与自然和谐相处系统的维护，即对当地文化的尊重。这种对旅游对象尊重与保护的责任是生态旅游可持续发展的重要内涵。