南普院寺坐北朝南，依山面海而建，规模宏大，气势庄严，中轴线主建筑为天王殿、大雄宝 、乐途殿、大悲殿、藏经阁；其中，天王殿位于寺院中轴线的最前端前殿正中供奉笑容可掬的弥勒佛，两侧立有怒目环视的四大天王，殿后有韦陀菩萨覆掌按杵而立，威武异常。殿阁依山层层升高，层次分明，俯仰相应。东西两侧依次升高的回廊，回护三殿两侧，使之成为一个整体。

大雄宝殿是整个寺院的中心，具有典型的闽南佛殿的特点，大殿正中供奉三世尊佛高大的塑像，殿后供奉西方三圣。大悲殿呈八角形三重飞檐，中间藻井由斗拱层层迭架而成，无一根铁钉，构造极其精巧；殿内正中奉祀观音菩萨，其余各面为48臂观音，造型优美、姿态多样；又因闽南信众均崇奉观音菩萨，所以此殿香火异常鼎盛。

天王殿前有广场，广场前为长宽均约30米的正方形放生池，和约百米长七八十米宽的莲花池。莲花池外围盖有琉璃瓦顶的矮墙，东西设对称重檐牌坊式山门，题额为"鹭岛名山"，系原中国佛教学会会长赵朴初所题。

寺内所有建筑，一律采用古代宫殿式的重檐飞脊大屋盖，饰以杏黄琉瓦，使之统一协调。再以石构围墙将全寺建筑群环抱起来，如散珠承盘，形成一个整体。藏经阁是中轴线上的最高层建筑，为歇山重檐式双层楼阁，一层为法堂，是僧人讲经说法的地方，二层为玉佛殿，内供28尊缅甸玉佛，并藏有数万卷古今中外的佛典经书及一些珍贵的文物。