南少林寺遗址位于莆田荔城区西天尾镇九莲山林山村，距市区约17公里。南少林寺原名林泉院，创建于南北朝的陈朝永定元年（557年）。唐太宗贞观年间，嵩山少林寺僧南下，不远千里来到九莲山，住锡在林泉院。此后，林泉院易名林山少林寺。北宋时，寺庙更加兴旺，僧人500多名，武风极盛，形成南少林拳。与北少林的腿功一起誉称“北腿南拳”。南宋时，寺院仍保留兴旺趋势。刘克庄也盛赞“邑之嵩山少林”。此后，几经兴废，几易其各，而为名寺。林泉院毁于清初。现在南少林寺遗址一带仅存一些附属寺院，如资福寺、红花亭等。

1990年4月13日，河南嵩山少林寺方丈德禅大师写下手书:“南少林寺就在福建莆田九莲山下”。中国佛教会会长赵朴初先生题写“南少林寺”寺名。1992年4月25日，经福建省人民政府批准，莆田市和莆田县人民政府在北京人民大会堂举行了南少林遗址论征暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会。1998年，南少林寺重建落成。2006年12月，南少林寺正式接纳广化寺方丈管理，成为两寺院共同统一体制。