南朝梁武帝天监元年（公元502年），据载，梵僧智药三藏率徒来中国五台山礼拜文殊菩萨，路过曹溪口时，掬水饮之，觉此水甘美异常，于是朔源至曹溪。四顾山川奇秀，流水潺潺，于是谓徒曰：此山可建梵刹，吾去后170年，将有无上法宝于此弘化。后韶州牧侯敬中将此事奏于朝廷，上可其请，并敕额“宝林寺”。

南朝梁武帝天监三年（公元505年），宝林寺建成。

隋朝末年，南华寺遭兵火，遂至荒废。

公元638年，惠能诞生。

677年至唐凤二年，六祖惠能驻锡曹溪，得地主陈亚仙施地，宝林寺得以中兴。

唐中宗神龙元年（公元705年），中宗皇帝诏六祖赴京，六祖谢辞，中宗派人赐物，并将“宝林寺”改名为“中兴寺”。

公元708年，敕额为“法泉寺”，并重加崇饰。

公元713年，惠能坐化于新州国恩寺，享年七十六岁。后其徒广集六祖语录，撰成《六祖坛经》。

宋初，南汉残兵为患，寺毁于火灾。

宋太祖开宝元年（公元968年），太祖皇帝令修复全寺，赐名“南华禅寺”。

元末，南华禅寺三遭兵火，颓败不堪，众僧日散，祖庭衰落。

明万历二十八年（公元1600年），憨山禅师大力中兴，僧风日盛。然至明末，南华寺又复荒废。

清康熙七年（公元1688年），平南王尚可喜将全寺重新修饰，使禅宗名刹焕然一新。

1934年，虚云和尚重修南华禅寺。

1981年，惠能真身于1981年农历十月开座于修建焕然一新的六祖殿中，以供参拜。

1962年，南华寺被列为广东省文物保护单位。

1982年，人民政府落实宗教政策，恢复了丛林方丈制度，惟因法师受请为南华禅寺方丈。

1999年，现任传正大和尚应两序大众邀请复返南华，接任住持。

2000年，南华禅寺曹溪佛学院正式开学。

2002年，南华寺举行建寺1500周年的盛大庆典。 [4]

1936年至1943年，近代名僧虚云和尚驻锡南华寺，筹积款项，相地度势，重建殿堂。总计新建殿堂房宇庵塔约243楹，新塑大小佛像690尊。当时六祖真身像的木龛被白蚁损坏，虚云请出祖师肉身，重新装修。另照阿育王塔形式，重新制作祖师坐龛。龛外塑南岳、青原、法海、神会四像侍侧。当时的南华寺盛极一时，面积从曹溪门到最后的卓锡泉，南北深151丈，由东边寺墙至禅堂西壁，广39.5丈，建筑面积达1.2万平方尺。主要建筑有：中路的曹溪门、放生池、五香亭、宝环门、天王殿、大雄宝殿、法堂、灵照塔、六祖殿、方丈室。左侧依次是虚怀楼、报恩堂、钟楼、伽蓝楼、客堂、待贤楼、香积厨、斋堂、回向堂、回光堂、延寿堂、念佛堂、东贤殿。右侧依次为云海楼、西归堂、鼓楼、祖师殿、云水堂、韦驮殿、维那寮、班首寮、如意寮、禅堂、观音堂、西贤殿。寺东有无尽庵、海会塔，寺后有飞锡桥、伏虎亭、卓锡泉。虚云法师带领僧人严守戒律，遵循百丈清规“一粥一饭，持午因时，一步一趋，悉守仪范。”

新中国成立后，多次拨款重修大雄宝殿、藏经阁、六祖殿、钟鼓楼及其他建筑。1981年10月19日至21日，南华寺六祖殿重建一新，举行了六祖真身像安座典礼，香港、澳门、广州等地宗教界知名人士意昭、圣一、心明、性智、宽纯等和当地憎俗群众三百多人参加了这一庆典。